- Oggetto:
- Oggetto:
Genomica e Bioinformatica
- Oggetto:
Genomics and Bioinformatics
- Oggetto:
Anno accademico 2020/2021
- Codice dell'attività didattica
- SME0895B
- Docenti
- Prof. Raffaele Adolfo Calogero (Docente Titolare dell'insegnamento)
Prof. Andrea Graziani (Docente Titolare dell'insegnamento) - Insegnamento integrato
- Corso di studi
- [f007-c201] laurea spec. in biotecnologie mediche - a torino
- Anno
- 1° anno
- Periodo didattico
- Primo semestre
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 8
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia d'esame
- Scritto
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Bioinformatica:
Il presente modulo fornira' agli studenti le basi per un analisi critica delle metodiche di analisi di dati genomici. Inoltre, fornira' gli strumenti necessari alla definizione di un disegno sperimentale ottimizzato.
Genomica:
Bioinfomatics:
Genomics:
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Gli studenti saranno in grado di definire i passagi necessari all'analisi di dati genomici di vario genere ed alla identificazione delle criticita' che possono influenzare la buona riuscita di un esperimento genomico
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Lezioni frontali
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto costituito da domande aperte e a scelta multipla
- Oggetto:
Attività di supporto
N.B. Per accedere alle lezioni ed alle esercitazioni bisogna seguire la procedura indicata sulla homepage della piattaforma Moodle, raggiungibile al link
- Oggetto:
Programma
BIOINFORMATICA
Tecnologie di sequenziamento e metodi bioinformatici nello studio della organizzazione funzionale del genoma.
Durante il corso ci muoveremo attraverso gli strati regolativi del genoma, partendo dai territori genomici fino ad arrivare a controllo traduzionale, analizzando le tecnologie di sequenziamento che vengono utilizzate e le basi delle metodiche bioinformatiche per la loro analisi.Nel dettaglio:
Metodiche di studio delle interazioni a lunga distanza: Hi-C
Metodiche per lo studio della organizzazione della cromatina: ATAC-seq, ChIP-seq, metilazione del DNA
Metodiche per lo studio dell'espressione genica in bulk ed in singola cellula: RNAseq/miRNAseq
Metodiche per lo lo studio dei trascritti in attiva traduzione: ribo-seq
Metodiche per la chiamata di varianti genetiche e mutazioni somatiche
Struttura dei fastq, bam e vcf
QC dei fastq
Metodi per chiamata di varianti
Metodi di quantificazione genica alignment based and alignment free
Principal Component Analysis (PCA)
Analisi dell’espressione differenziale
Arricchimento di termioni di Gene Ontology (GO)
miRNA e geni bersaglio
Sequenziamento del trascrittoma/genoma di singole cellule e definizione di sotto-popolazioni cellulari.Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach
by
- Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
- Publisher: Chapman and Hall/CRC; 1 edition (September 19, 2014)
Practical Guide to ChIP-seq Data Analysis
by
- Series: Focus Computational Biology Series
- Publisher: CRC Press; 1 edition (November 5, 2018)
Computational Exome and Genome Analysis
1st Edition
Peter N. Robinson, Rosario Michael Piro, Marten Jager
Chapman and Hall/CRC
Published September 11, 2017
Reference - 557 Pages - 116 Color & 23 B/W Illustrations
ISBN 9781498775984 - CAT# K29706
Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology- Oggetto:
Orario lezioni
Lezioni: dal 05/10/2020 al 16/12/2020
Nota: Le lezioni sono cosi suddivise:
5 ottobre 11-13 Lezione congiunta Prof. Graziani e Calogero
7 Ottobre 9-11 Prof. Graziani 11-13 Prof Calogero
12 Ottobre 11-13 Prof. Calogero
14 Ottobre 9-11 Prof. Graziani 11-13 Prof. Calogero
19 Ottobre 11-13 Prof. Calogero
21 Ottobre 9-11 Prof. Graziani 11-13 Prof. Calogero
26 Ottobre 11-13 Prof. Graziani
28 Ottobre 9-11 Prof Calogero 11-13 Prof. Graziani
2 Novembre 11-13 Prof. Graziani
4 Novembre 9-11 Prof. Calogero 11-13 Prof. Graziani
9 Novembre 11-13 Prof. Graziani
11 Novembre 9-11 Prof. Calogero 11-13 Prof. Graziani
16 Novembre 11-13 Prof. Graziani
18 Novembre 9-11 Prof. Calogero 11-13 Prof. Graziani
23 Novembre 11-13 Prof. Calogero
25 Novembre 9-11 Prof. Graziani 11-13 Prof. Calogero
30 Novembre 11-13 Prof. Graziani
2 Dicembre 9-11 Prof. Calogero 11-13 Prof. Graziani
7 Dicembre 11-13 Prof. Calogero
9 Dicembre 9-11 Prof. Graziani 11-13 Prof. Calogero
14 Dicembre 11-13 Prof. Graziani
16 Dicembre 9-11 Prof. CalogeroI links di accesso alle webex sono pubblicati all'interno del moodle modulo:
https://biotec.i-learn.unito.it/course/view.php?id=237NOTA BENE: Solo il link webex per la prima lezione e' pubblicat0 qui:
Meeting link: https://unito.webex.com/unito-en/j.php?MTID=m107d74224454ff4c522e893a5d31efb3
Meeting number: 121 488 1589
Password: 9nnH9trNn3N- Oggetto:
Note
Le modalità di svolgimento dell'attività didattica potranno subire variazioni in base alle limitazioni imposte dalla crisi sanitaria in corso. In ogni caso è assicurata la modalità a distanza per tutto l'anno accademico
- Oggetto: