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Genomica e Bioinformatica

Oggetto:

Genomics and Bioinformatics

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Anno accademico 2023/2024

Codice attività didattica
SME0895B
Docenti
Raffaele Adolfo Calogero (Docente Titolare dell'insegnamento)
Andrea Graziani (Docente Titolare dell'insegnamento)
Corso di studio
[f007-c201] laurea spec. in biotecnologie mediche - a torino
Anno
1° anno
Periodo
Primo semestre
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
8
SSD attività didattica
BIO/11 - biologia molecolare
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Obbligatoria
Tipologia esame
Scritto
Tipologia unità didattica
modulo
Insegnamento integrato
C.I. MODELLI PRECLINICI E METODOLOGIE GENOMICHE (SME0895)
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Bioinformatica:

Il presente modulo fornira' agli studenti le basi per un analisi critica delle metodiche di analisi di dati genomici. Inoltre, fornira' gli strumenti necessari alla definizione di un disegno sperimentale ottimizzato.

 

Genomica:

 

Bioinfomatics:

 

Genomics:

 

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Risultati dell'apprendimento attesi

Gli studenti saranno in grado di definire i passagi necessari all'analisi di dati genomici di vario genere ed alla identificazione delle criticita' che possono influenzare la buona riuscita di un esperimento genomico

 

 

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Programma

BIOINFORMATICA

Tecnologie di sequenziamento e metodi bioinformatici nello studio della organizzazione funzionale del genoma.
Durante il corso ci muoveremo attraverso gli strati regolativi del genoma, partendo dai territori genomici fino ad arrivare a controllo traduzionale, analizzando le tecnologie di sequenziamento che vengono utilizzate e le basi delle metodiche bioinformatiche per la loro analisi.

Nel dettaglio:
Metodiche di studio delle interazioni a lunga distanza: Hi-C
Metodiche per lo studio della organizzazione della cromatina: ATAC-seq, ChIP-seq, metilazione del DNA
Metodiche per lo studio dell'espressione genica in bulk ed in singola cellula: RNAseq/miRNAseq
Metodiche per lo lo studio dei trascritti in attiva traduzione: ribo-seq
Metodiche per la chiamata di varianti genetiche e mutazioni somatiche
Struttura dei fastq, bam e vcf
QC dei fastq
Metodi per chiamata di varianti
Metodi di quantificazione genica alignment based and alignment free
Principal Component Analysis (PCA)
Analisi dell’espressione differenziale
Arricchimento di termioni di Gene Ontology (GO)
miRNA e geni bersaglio
Sequenziamento del trascrittoma/genoma di singole cellule e definizione di sotto-popolazioni cellulari.

 

 

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Modalità di insegnamento

Lezioni frontali e libri consigliati per il completamento della preparazione

 

 

 

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Esame orale

 

 

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Attività di supporto

N.B. Per accedere alle lezioni ed alle esercitazioni bisogna seguire la procedura indicata sulla homepage della piattaforma Moodle, raggiungibile al link 

 

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Next Generatio Sequencing and Data Analysis

Melanie kappelman-Fenzl Ed.

Springer 2021

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Orario lezioniV

GiorniOreAula
Lunedì9:00 - 11:00
Mercoledì9:00 - 11:00
Mercoledì11:00 - 13:00

Lezioni: dal 05/10/2022 al 11/01/2023

Registrazione
  • Aperta
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    Ultimo aggiornamento: 31/08/2023 10:30
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