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Oggetto:
Oggetto:

Genomica e Bioinformatica

Oggetto:

Genomics and Bioinformatics

Oggetto:

Anno accademico 2021/2022

Codice attività didattica
SME0895B
Docenti
Prof. Raffaele Adolfo Calogero (Docente Titolare dell'insegnamento)
Prof. Andrea Graziani (Docente Titolare dell'insegnamento)
Corso di studio
[f007-c201] laurea spec. in biotecnologie mediche - a torino
Anno
1° anno
Periodo
Primo semestre
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
8
SSD attività didattica
BIO/11 - biologia molecolare
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Obbligatoria
Tipologia esame
Scritto
Tipologia unità didattica
modulo
Corso integrato
C.I. MODELLI PRECLINICI E METODOLOGIE GENOMICHE (SME0895)
Oggetto:

Sommario del corso

Oggetto:

Avvisi

INFORMAZIONI ATTIVITÀ DIDATTICA 2021/22
Oggetto:

Obiettivi formativi

Bioinformatica:

Il presente modulo fornira' agli studenti le basi per un analisi critica delle metodiche di analisi di dati genomici. Inoltre, fornira' gli strumenti necessari alla definizione di un disegno sperimentale ottimizzato.

 

Genomica:

 

Bioinfomatics:

 

Genomics:

 

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

Gli studenti saranno in grado di definire i passagi necessari all'analisi di dati genomici di vario genere ed alla identificazione delle criticita' che possono influenzare la buona riuscita di un esperimento genomico

 

 

Oggetto:

Programma

BIOINFORMATICA

Tecnologie di sequenziamento e metodi bioinformatici nello studio della organizzazione funzionale del genoma.
Durante il corso ci muoveremo attraverso gli strati regolativi del genoma, partendo dai territori genomici fino ad arrivare a controllo traduzionale, analizzando le tecnologie di sequenziamento che vengono utilizzate e le basi delle metodiche bioinformatiche per la loro analisi.

Nel dettaglio:
Metodiche di studio delle interazioni a lunga distanza: Hi-C
Metodiche per lo studio della organizzazione della cromatina: ATAC-seq, ChIP-seq, metilazione del DNA
Metodiche per lo studio dell'espressione genica in bulk ed in singola cellula: RNAseq/miRNAseq
Metodiche per lo lo studio dei trascritti in attiva traduzione: ribo-seq
Metodiche per la chiamata di varianti genetiche e mutazioni somatiche
Struttura dei fastq, bam e vcf
QC dei fastq
Metodi per chiamata di varianti
Metodi di quantificazione genica alignment based and alignment free
Principal Component Analysis (PCA)
Analisi dell’espressione differenziale
Arricchimento di termioni di Gene Ontology (GO)
miRNA e geni bersaglio
Sequenziamento del trascrittoma/genoma di singole cellule e definizione di sotto-popolazioni cellulari.

 

 

Oggetto:

Modalità di insegnamento

Lezioni frontali

 

 

 

Oggetto:

Modalità di verifica dell'apprendimento

Esame scritto costituito da domande aperte e a scelta multipla

 

 

Oggetto:

Attività di supporto

N.B. Per accedere alle lezioni ed alle esercitazioni bisogna seguire la procedura indicata sulla homepage della piattaforma Moodle, raggiungibile al link 

https://biotec.i-learn.unito.it/course/view.php?id=566

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach

by Eija Korpelainen (Author), Jarno Tuimala (Author), Panu Somervuo (Author), Mikael Huss (Author), Garry Wong (Author)

  • Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
  • Publisher: Chapman and Hall/CRC; 1 edition (September 19, 2014)

Practical Guide to ChIP-seq Data Analysis

by Borbala Mifsud (Author), Kathi Zarnack (Author), Anaïs F Bardet (Author)

  • Series: Focus Computational Biology Series
  • Publisher: CRC Press; 1 edition (November 5, 2018)

Computational Exome and Genome Analysis

1st Edition

Peter N. Robinson, Rosario Michael Piro, Marten Jager

Chapman and Hall/CRC
Published September 11, 2017
Reference - 557 Pages - 116 Color & 23 B/W Illustrations
ISBN 9781498775984 - CAT# K29706
Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology

 

 

 

 



Oggetto:

Note

Le modalità di svolgimento dell'attività didattica potranno subire variazioni in base alle limitazioni imposte dalla crisi sanitaria in corso.

Oggetto:

Orario lezioniV

GiorniOreAula
Lunedì9:00 - 11:00
Mercoledì9:00 - 11:00
Mercoledì11:00 - 13:00

Lezioni: dal 04/10/2021 al 22/12/2021

Nota: Gli studenti sono pregati di registrarsi a presente moodle.
https://biotec.i-learn.unito.it/course/view.php?id=566

Per i non immatricolati per ottenere le credenziali di accesso temporanee compilare il modulo disponibile al seguente link:
https://biotec.i-learn.unito.it/mod/page/view.php?id=6501&inpopup=1

Attraverso moodle verranno gestite le comunicazioni con gli studenti e la fruizione de materiale didattico

Le lezioni saranno tenute in aula Aristotele e saranno disponibili anche in streaming:

Modulo di Genomica
.....

Modulo id Bioinformatica
https://unito.webex.com/meet/raffaele.calogero

Ricapitolando tutte le lezioni (G: Prof. Graziani, C: prof Calogero):
4/10 11-13 G
6/10 9-11 G 11-13 C
11/10 11-13 G
13/10 9-11 G 11-13 C
18/10 11-13 G
20/10 9-11 G 11-13 C
25/10 11-13 G
27/10 9-11 G 11-13 C
3/11 9-11 G 11-13 G
8/11 11-13 C
10/11 9-11 G 11-13 C
15/11 11-13 C
17/11 9-11 G 11-13 C
22/11 11-13 C
24/11 9-11 G 11-13 C
29/11 11-13 C
1/12 11-13 C
6/12 11-13 C
13/12 11-13 C
15/12 9-11 G 11-13 C
20/12 11-13 C
22/12 9-11 G 11-13 C

Registrazione
  • Aperta
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 03/10/2021 21:31
    Location: https://biotecmed.campusnet.unito.it/robots.html
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