- Oggetto:
- Oggetto:
Genomica e Bioinformatica
- Oggetto:
Genomics and Bioinformatics
- Oggetto:
Anno accademico 2019/2020
- Codice dell'attività didattica
- SME0895B
- Docenti
- Prof. Raffaele Adolfo Calogero (Docente Titolare dell'insegnamento)
Andrea Graziani (Docente Titolare dell'insegnamento) - Insegnamento integrato
- Corso di studi
- [f007-c201] laurea spec. in biotecnologie mediche - a torino
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 8
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia d'esame
- Scritto
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Modulo di Bioinformatica:
Il presente modulo fornira' agli studenti le basi per un analisi critica delle metodiche di analisi di dati genomici. Inoltre, fornira' gli strumenti necessari alla definizione di un disegno sperimentale ottimizzato.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Modulo di Bioinformatica:
Gli studenti saranno in grado di definire i passagi necessari all'analisi di dati genomici di vario genere ed alla identificazione delle criticita' che possono influenzare la buona riuscita di un esperimento genomico
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Lezioni frontali
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto costituito da domande aperte e a scelta multipla
- Oggetto:
Programma
Tecnologie genomiche di sequenziamento, metodi di sequenziamento di DNA ed RNA,
disegno sperimentale
Struttura dei fastq, bam e vcf
QC dei fastq
Metodi per chiamata di varianti
Metodi di quantificazione genica alignment based and alignment free
PCA
Analisi dell’espressione differenziale
GO enrichment GSEA
miRNA and targets
Single cell sequencing and cell population discovery.
tSne
Cluster specific genes detection
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach
by
- Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
- Publisher: Chapman and Hall/CRC; 1 edition (September 19, 2014)
Practical Guide to ChIP-seq Data Analysis
by
- Series: Focus Computational Biology Series
- Publisher: CRC Press; 1 edition (November 5, 2018)
Computational Exome and Genome Analysis
1st Edition
Peter N. Robinson, Rosario Michael Piro, Marten Jager
Chapman and Hall/CRC
Published September 11, 2017
Reference - 557 Pages - 116 Color & 23 B/W Illustrations
ISBN 9781498775984 - CAT# K29706
Series: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology- Oggetto:
